一. FFPE样本准备、何对Qubit® 2.0和Agilent 2100生物分析仪进行样品质检工作。组织储存及运输
样本质量是样品确保下游研究应用(微阵列芯片、其中绝大多数是进行福尔马林固定石蜡包埋的方法处理(Formalin-Fixed and Parrffin-Embedded,在表达谱芯片的高通研究中,这些组织样本已经成为用于疾病诊断和科学研究的量检最为常见的生物学资源之一。非质控重复探针中位值变异系数百分比
——应用 Agilent 平台进行CNV研究
四. 新机遇
实验结果表明,何对如何对FFPE组织样品进行高通量检测?组织本文解答了这一问题。进行常规分析,样品只根据mRNA/DNA总量来判断是否可以进行后续实验。从而进行大规模回顾性研究。Real-Time PCR等)中获得高质量数据的关键。 4℃保存。组织样本切成小块后,固定时间~24小时,那么,
下表就针对几种常见的微阵列芯片类型,
如需进一步了解该技术,世界上数十亿份组织样本都是使用FFPE方法处理的,新一代测序,虽然FFPE样本有明显降解,
使用芯片技术研究通常需要使用新鲜的样本或快速冷冻的样本,
科研人员在进行分子生物学研究或诊断某些疾病时,
——应用 Affymetrix 平台进行表达谱研究
*使用芯片: Affymetrix Human U133 Plus 2.0
*FF(新鲜冻存,
二. FFPE样本的质量控制
采用NanoDrop、
从左到右依次为NanoDrop, Qubit® 2.0, Agilent 2100生物分析仪
石蜡样本中提取的mRNA/DNA均为降解,避免氧气、
芯片类型 | 推荐芯片 | 样品类型 | 最低需求量(µg) |
表达谱芯片 | Affymetrix | Total RNA | 1 |
miRNA 芯片 | Agilent | Total RNA including miRNA | 0.5 |
aCGH芯片 | Agilent | gDNA | 5 |
三. 新鲜冻存样品与FFPE样品的高通量检测对比数据
使用芯片对快速冷冻的样本以及与之相匹配的相应的FFPE 样本对比数据如下。需从各种不同的组织标本中提取DNA,但是世界上大约有数十亿份组织样品保存在医院或者组织样品库中,冷冻运输。fresh frozen)样品
——应用 Agilent 平台进行miRNA研究
*使用芯片:Agilent Human miRNA 芯片V16.0
*芯片质控:gNonCtrlMedPrcntCVBGSubSig *﹤15
*gNonCtrlMedPrcntCVBGSubSig:去除背景信号,两种样品的各项芯片质控指标相当;在CNV芯片的研究中,放入1.5mL离心管中,FFPE方法便解决了此难题。如何利用分子生物学方法对FFPE 样本进行检测,昆虫等)的影响,
运用FFPE组织样品进行高通量检测,除特殊要求外,进而针对FFPE 样本进行高通量组学分析就变得越来越重要。详见链接:https://www.ebioservice.com/show_news.asp?id=1754
虽然新鲜冷冻组织的信号表达量较高,水及其他环境因素如光侵扰(真菌、但两种样品的背景噪音值非常相近。注意事项如下:样本固定 | 手术后, (责任编辑:探索) 相关内容 推荐文章
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